O pórtico de quatro arquivoltas rendilhadas da fachada do Convento de S. Francisco é uma das componente que fazem dele uma obra-prima do gótico, sem paralelo em Portugal. Despojado e austero, este é um templo que demorou quarenta anos a construir. A obra, iniciada em 1242 com o beneplácito de D. Sancho II, para acolher os franciscanos, arrastou-se por três reinados, só tendo sido dada por concluída já no tempo de D. Dinis.
Nos séculos seguintes, terramotos, incêndios e conflitos armados, obrigaram a obras de restauro, tornando-o um mostruário de estilos e épocas. Os sinais vão do gótico ao barroco, passando pelo manuelino e o renascentista.
O visitante é desde logo atraído pelas exageradas dimensões da construção, explicáveis pelo envolvimento pessoal dos reis católicos, que mantiveram sempre um difícil relacionamento com a hierarquia da Igreja.
O convento estende-se por um amplo corpo de três naves de cinco tramos, com cobertura de madeira. Possui cinco capelas decoradas com esmero. Isso e especialmente visível no arco renascentista da Capela de Santa
Ana, na traça maneirista da Capela das Almas ena excelência arquitectónica da Capela de Santa Clara.
Na fachada existiu um alpendre do séc. XV, onde se realizou em 1477 a cerimónia de juramento do D. João II como rei de Portugal. Encerrado e em ruínas durante muitos anos, o convento foi recuperado já nos finais do século XX e reaberto ao público no Verão de 2011.
Claustro de D. Fernando
O rei D. Fernando ordenou que fosse construído no interior do Convento de S. Francisco, no século XIV, um claustro de grandes dimensões, para nele vir a ser colocado, quando a hora chegasse, o seu túmulo. A ordem foi cumprida, o pátio foi erguido o túmulo lá colocado. E assim surgiu um dos grandes atractivos do templo.
Projectada desde início para vir a ser Panteão Régio, a igreja cumpriu ao longo dos séculos essa missão. As primeiras ossadas a serem ali depositadas foram as da mãe do monarca, D. Constança Manuel, primeira mulher de D. Pedro I, em 1376, com presença assinalada pelo
escudo real. Essa cerimonia instituiu o que se tornou o ex-libris do convento: o Panteão dos Menezes, a cuja casa pertencia a rainha D. Leonor Teles
Pouco depois, D. Fernando mandou então constituir o seu próprio jazigo, na nave central. Obra megalómana e egocentrista, de enormes proporções, ali permaneceu mais de 500 anos, desde a sua morte, em 1383 até meados do século XX, quando foi decidida a sua trasladação para o Museu de Arqueologia do Carmo, em Lisboa. Durante os anos em que permaneceu e Santarém o túmulo sofreu mutilações e vandalismo, sobretudo no final da primeira metade do século XIX, em que foi aquartelamento militar. De resto, o peso descomunal do jazigo já tinha posto em risco a sustentabilidade do edifício, obrigando a mudá-lo de sítio,
A morte de D. Fernando, sen sucessor, abriu caminho a um dos momentos mais dramáticos da História de Portugal; a Revolução Popular de 1383-1385.
