Mandado edificar por D. Afonso III, em 1258, para acolher as virgens da nobreza que queriam seguir as pegadas de Clara de Assis, fundadora da Ordem das Clarissas, o Convento de Santa Clara tornou-se o símbolo maior da arquitectura gótica de Santarém. O facto de Clara de Assis ter sido discípula de S. Francisco esteve na origem do insólito episódio que ali veio a ocorrer dois seculos e meio depois. No ano de 1517, os franciscanos tomaram de assalto o convento, expulsaram a Abadessa Beatriz Meneses e entregaram o báculo do poder a uma das nove freiras clarissas arregimentadas em Lisboa.
Dotado de oitenta espaços de reclusão, o grandioso edifício de três extensas naves, com altas colunas e dois claustros, possuía torre sineira e cinco capelas. A decorar a fachada, estava uma grande rosácea octogonal, com as armas reais.
As remodelações ali operadas no séc. XVII alteraram-lhe a forma e a volumetria. Possui agora três naves de oito tramos, suportadas por altas colunas góticas, decoradas com fresco e capiteis lavrados.
Encerrado definitivamente em 1902, o edifício iniciou um período de declínio que terminou em ruina, só invertida a partir de 1934, quando foi iniciada a sua recuperação. No decurso dessas obras perdeu-se o retábulo quinhentista de Diogo de Contreiras, o cadeiral do coro, os elementos barrocos e um claustro quinhentista. Ainda assim, resistiram ao tempo peças valiosas, como a tela da Anunciação, as pinturas e frescos do século XVII e os nichos renascentistas, com imagens franciscanas.
Túmulo de Leonor Afonso
O túmulo de D. Leonor Afonso, filha bastarda de Afonso III, uma das primeiras noviças a ingressar no convento em 1265, é um dos pontos de interesse da Igreja de Santa Clara. A arca funerária, decorada com esculturas alusivas à sua de vida e baixos-relevos com figuras religiosas, foi esculpida com a intenção de atribuir uma auréola de santidade à fidalga. Para isso muit0 contribui a luz que penetra pela rosácea do final da neve central de 72 metros, que incide sobre o túmulo.
D. Leonor Afonso permaneceu pouco tempo em clausura, fugindo dali para escapar à peste que grassava em Santarém. Casou depois, não uma mas duas vezes: a primeira com D. Estêvão Anes de Sousa, Senhor de Pedrogão; e a segunda com D. Gonçalo Garcia de Sousa, Alferes-Mor do Reino, não tendo tido filhos de nenhum deles. Regressada a Santarém, onde viveu a maior parte do tempo, aqui morreu a 26 de Fevereiro de 1291, sendo sepultada na Igreja.
O sarcófago, construído mais de trinta anos depois da sua morte, por vontade de seu meio-irmão D. Dinis, só foi descoberto na década de 30 do século XX, no decorrer das obras de restauro.
Durante todo o reinado de D. Dinis, a Igreja beneficiou da protecção da coroa, por iniciativa não só do rei mas também da Rainha Santa Isabel, sua mulher. Foram as doações reais que fizeram dele o maior templo gótico da cidade.
As remodelações ali operadas ao longo dos séculos, para reparar os estragos provocados por incêndios terramotos e conflitos armados, alteraram a fisionomia do templo, que hoje se assemelha mais uma obra setecentista.
