Começado a construir em 1615, quando Portugal vivia sob o jugo espanhol, o Convento de Nossa Senhora de Jesus do Sítio é uma autêntica replica ribatejana das «obras de Santa Engrácia», dado ter demorado 115 anos a concluir. E os franciscanos só tiveram ali aquela casa de recolhimento porque o promotor da obra, o Bispo D. Miguel de Castro, era um homem influente, teimoso e obcecado projecto.
O ano do início da construção coincide com a nomeação de D. Miguel de Castro como «Vice-Rei de Portugal» em representação do invasor espanhol, O prelado, que gozava da protecção do Cardeal-Rei D. Henrique, era simultaneamente uma figura de topo na hierarquia da Inquisição,
Erguido na zona fora dos muros da povoação, o edifício acolheu inicialmente (a partir de 1739) os monges da Ordem dos Frades Menores e da Terceira Ordem da Penitência. As fundações foram assentes sobre as ruínas Paço dos Arcebispos, nas proximidades da também desaparecida Ermida de Santa Maria Madalena, uma construção medieval. Só depois de concluída a zona conventual começaram a surgir, muito lentamente, já no século XVIII, a capela-mor e a estrutura base onde iria ser construída a Igreja.
A fachada maneirista do convento é um notável exemplo do «estilo chão», de reminiscências militares, tipicamente português, facilmente identificável pela austeridade das formas. E o pórtico exibe ainda os símbolos dos franciscanos.
Capela Dourada
A Capela Dourada, anexa à igreja conventual de Nossa Senhora de Jesus do Sítio, é uma obra-prima do barroco português, razão pela qual se tornou um dos locais mais procurados pelos visitantes da cidade de Santarém. Era neste santuário, revestida a talha dourada, que os monges da Ordem Terceira de S. Francisco faziam as suas preces e cumpriam as penitencias.
Este é apenas um dos pontos de atracção deste magnífico templo. No seu interior podem ainda ser apreciados o retábulo lavrado em mármore trazido da capela de D. Gil Eanes da Costa (Filho) existente na Igreja da Graça; as quatro tábuas maneiristas do fim do século XVI, representando a Virgem Maria e a adoração dos pastores e Jesus Cristo deposto da cruz; a tela central de São Nicolau Tolentino, de princípios do séc. XVII; e um conjunto de azulejos azuis e brancos, com cenas franciscanas, de inícios do séc. XVIII. A igreja possui ainda um órgão de tubos do século XVIII, agora completamente restaurado.
Projecrado para configurar uma cruz latina, tem uma única nave e capela-mor igualmente rectangular. As suas oito capelas, estendem-se de um lado e outro da nave. As pinturas do coro, datadas de 1723, são da autoria de António Simões Ribeiro, grande figura da arte religiosa, que foi discípulo do mestre florentino Vicenzo Baccarelli e andou pelo Brasil.
O templo é também conhecido como Igreja do Hospital, por ter sido transformado em estabelecimento de tratamento de doentes no século XIX. É hoje um estabelecimento de ensino e a sede dos serviços da Santa Casa da Misericórdia de Santarém.
